为了对抗袭击人类的使徒，被选为泛用人形决战兵器EVA驾驶员的少年少女们的战争开始了！ 2000年，一颗陨石坠落在南极。造成了载入史册的巨大灾难“第二次冲击”。而15年后，新的危机又向人类袭来，和人类相似的巨大机械战斗群入侵者“使徒”开始袭击人类。为了对抗使徒，人类开发了泛用人形决战兵器“EVA”，而只有被选中之人才有条件驾驶EVA。被选为驾驶员的“三名少年少女”的战斗，现在即将开幕——。